【 怪盗を養成する『泥棒の学校』……そこでは様々な能力を持った怪盗のタマゴたちが集まり日々切磋琢磨していた 】　ねずみ小僧の末裔である双子の怪盗ラットツインクル姉妹は、夏休みの宿題で探査船はやぶさから採取された物質をハッピーターンにすり替えた。　しかし、それを学校に持ち帰りしばらくすると、泥棒の学校世界選抜を名乗る怪盗アルセーヌの星に横取りされてしまっていた事が発覚する。　二人は日本校の名誉にかけ採取物質を取り戻すため、アルセーヌの星が罠を張り巡らす東京スカイツリーの頂上を目指す。